根據(jù)《中共昆明市委辦公廳昆明市辦公廳關(guān)于印發(fā)〈昆明市機構(gòu)改革實施意見〉的通知》（昆辦發(fā)〔2009〕19號），設(shè)立昆明市食品藥品監(jiān)督管理局，為昆明市衛(wèi)生局管理的部門管理機構(gòu)，正縣級。
    2內(nèi)設(shè)機構(gòu)
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    根據(jù)上述職責(zé)，昆明市食品藥品監(jiān)督管理局機關(guān)設(shè)10個內(nèi)設(shè)機構(gòu)（正科級）和機關(guān)黨委。
    （一）辦公室
    （二）規(guī)劃財務(wù)處
    （三）人事處（離退休人員辦公室）
    （四）政策法規(guī)處
    （五）行政許可處
    （六）食品監(jiān)管處
    （七）保健品化妝品監(jiān)管處
    （八）藥品監(jiān)管處
    （九）藥品流通監(jiān)管處
    （十）藥品注冊和醫(yī)療器械監(jiān)管處
    內(nèi)設(shè)機構(gòu)的職責(zé)由昆明市食品藥品監(jiān)督管理局在組織實施本部門“三定規(guī)定”工作中負責(zé)審定印發(fā)，同時抄報市委編辦備案。
    機關(guān)黨委
    負責(zé)機關(guān)和所屬單位的黨群工作。